臭氧是水处理中有效的杀菌剂之一，只有游离氯才能和臭氧的杀菌能力相比。
优点：用臭氧消毒的优点是其杀菌效率高，即使对于如病毒和囊孢等抵抗性强的微生物，它也是迄今有效的消毒剂。它可以减少给水的嗅、味和色度，并且在分解时它剩余物质是溶解氧。另外，臭氧的杀菌能力不受 PH值变化和氨的影响。
缺点：用臭氧消毒也有不利的一面，因为用电产生臭氧，并且不能储备，在遇到水质和水量变化时，对臭氧的需用量难于及时调整。经验证明臭氧适用于用水量低而用水量稳定的水厂；此外臭氧虽强氧化剂，但其氧化能力是有选择性的，并不是普遍产生氧化作用，像乙醇这种容易被氧化的物质却不容易和臭氧作用。
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