在使用紫外线杀菌器时应注意的事项为：
安装位置：紫外线安装的位置离使用点越近越好，但也应留有从一端装进或抽出石英管套和更换灯管的操作空间。
流量：在同一杀菌器内，当紫外线的辐射能量一定，水中细菌含量变化不大时通过杀菌器的水流量大小对杀菌效果有显著的影响。
水的物理化学性质：水的色度、浊度、总铁含量对紫外线都有不同程度的吸收，其结果使杀菌的效果降低。
灯管功率：灯管的点燃功率对杀菌效率影响很大。
灯管周围的介质温度：紫外线灯管辐射光谱能量与灯管管壁的温度有关。
石英管套：适应管套的质量和壁厚与紫外线的透过率有关，石英管套的纯度高，效率好。
水层厚度：水层厚度对杀菌效果有很大的关系。
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